在2025赛季足协杯第三轮，继武汉三镇、梅州客家一轮游之后，深圳新鹏城、长春亚泰也在点球决战里惨遭淘汰，申花、海港、国安、蓉城、泰山以及大连英博则大比分战胜对手之后顺利晋级。

在第三轮首个比赛日，浙江队1比0战胜广州蒲公英之后晋级。武汉三镇1比2负于陕西联合，梅州客家同样以1比2的比分负于广西恒宸，两支中超球队连续2个赛季足协杯一轮游。

周三，大连英博客场5比1战胜深圳青年人，青岛西海岸客场2比0战胜延边龙鼎，上海申花则在客场2比0战胜无锡吴钩，云南玉昆则在客场1球落后的情况下最后时刻连入2球，以2比1的比分战胜定南赣联。

广东广州豹主场对阵深圳新鹏城，比赛在大雨中进行，夏达龙上半场头球梅开二度。第49分钟，萨卡里亚为新鹏城扳回一分。第65分钟，周大地小禁区将球推入空门，帮助新鹏城扳平比分。在点球决战里，姜至鹏罚丢点球，新鹏城惨遭淘汰。

辽宁铁人主场对阵青岛海牛，这是实力最为接近的一战，青岛海牛13轮之后在中超排名倒数第二位，而辽宁铁人在9轮之后以22分在中甲排名第二位。两队在90分钟之内互交白卷，在点球决战里，臧一锋、栗鹏罚丢点球，青岛海牛以4比2的比分涉险过关。

大连鲲城主场对阵长春亚泰，朱世玉打入世界波为大连鲲城首开纪录，谭龙第65分钟，为长春亚泰扳平比分。两队在90分钟之内以1比1战平，在点球决战里，罗西奇、雷文杰、谭龙均罚丢点球，大连鲲城以点球决战3比2的比分晋级16强。

青岛红狮主场对阵山东泰山，克雷桑、陈蒲上半场各入一球。第57分钟，彭欣力禁区内回做，克雷桑推射破门，完成双响炮！随后，卢永涛、刘洋各入一球，山东泰山最终以5比0的比分战胜对手之后晋级。

苏州东吴主场对阵上海海港，马辅渔率先为苏州东吴破门，加布里埃尔4分钟之后为海港扳平比分。下半场开始2分钟，茹萨爆射破门，海港取得领先。

第51分钟，高大伦左路横传，吴俊杰头球冲顶被陈威封出，吴俊杰补射破门，2比2！第59分钟，李新宇出击失误，古斯塔沃将球推入空门，3比2！第68分钟，加布里埃尔分球，蒯纪闻禁区右肋左脚低射破门，4比2！

第81分钟，蒯纪闻妙传，古斯塔沃单刀低射破门，5比2！第94分钟，李圣龙头球冲顶破门，6比2！最终，海港以6比2的比分取胜之后晋级。

重庆铜梁龙主场对阵河南队，卡多索、李星贤上半场为河南各入一球。吴永强在下半场为铜梁龙扳回一球。最终，河南队以2比1的比分取胜之后晋级。

石家庄功夫主场对阵北京国安，达万、张稀哲、张源各入一球，王子铭梅开二度，北京国安以5比0大胜对手之后晋级16强。

广西平果主场对阵成都蓉城，王东升凌空扫射破门，打入处子球。严鼎皓、罗慕洛各入一球，成都蓉城以3比0的比分战胜对手。

贵州筑城竞技主场对阵天津津门虎，王政豪头球冲顶破门，为津门虎首开纪录。最终，津门虎以1比0的比分战胜对手之后晋级。

浙江队、大连英博、青岛西海岸、上海申花、云南玉昆、河南队、北京国安、山东泰山、上海海港、成都蓉城、天津津门虎、青岛海牛12支中超球队顺利晋级。

武汉三镇、梅州客家、深圳新鹏城、长春亚泰4支中超球队被淘汰出局，陕西联合、广州豹、大连鲲城三支中甲球队晋级16强，广西恒宸成为唯一一支晋级的中乙球队。